直接測量RF質譜儀可用作直接測量儀器。通過使用不同的離子源，RF質譜儀用作通用分析化學工具。
特別是在長期測量中，RF質譜儀產生的數據量明顯小于其他平行測量質譜（飛行時間質譜等）。 Tendem質譜（MS-MS）由于RF質譜儀（分辨能力）的分辨率低，缺乏識別未知物質的能力。
通過多級質譜，離子通過兩組四極系統之間的分開的腔室裂解。因此，分析特定質量的離子的碎裂以獲得離子的結構信息。
裂解方法包括碰撞誘導解離（CID），其中注入氣體與離子碰撞，并且還存在直接通過電子槍（電子離解）進行電子裂解的方法。多級質譜在生物化學和有機化學中起著至關重要的作用。
色譜 - 質譜法色譜質譜法中最典型的應用是氣相色譜 - 質譜（GC-MS）和液相色譜 - 質譜。優點是色譜質譜的組合解決了如果離子之間的質量太相似則質譜中的質量無法分辨的問題。
在色譜中，保留時間（RetensionTime）給出了混合物中不同物種的結構信息，預分離操作增加了質譜儀的置信度。該方法類似于離子遷移質譜（離子遷移譜-MS，IMS-MS）。
應用該方法的困難在于如何將色譜設備與質譜設備耦合。最常見的方法是電噴霧電離（ESI）。